地形
高山峽谷是太魯閣國家公園名聞於世的地景,境內高山聳立,地勢由西側的脊樑山脈向東漸傾,是孕育園區內豐富自然、人文生態的重要因子。園區一半的面積是二千公尺以上的山區,其中有將近六分之一的面積為三千公尺以上的高山,名列「台灣百岳」就有二十七座之多。轄區內名山以清水山、合歡群峰、奇萊連峰、南湖大山、中央尖山最享盛名。
生態
根據調查,園區內已發現動物物種有1517種,其中至少有46種哺乳類,約占台灣陸域哺乳動物的一半。園區鳥類至少有173種,並包含了台灣所有的特有種鳥類24種,其分布以中橫公路大禹嶺至慈恩一帶最多,是賞鳥人士不可錯過的聖地。立霧溪主流及其支流發現有21種溪流魚類;兩棲類則有15種;爬蟲類至少有34種。園區內昆蟲有1150種,其中蝶類佔有239種,且有寬尾鳳蝶、曙鳳蝶等28種屬台灣特有種;蛾類據初步調查已發現有340種;甲殼類至少發現有22種;貝類方面有43種。
園區森林覆蓋區域約佔75%,其中天然林占絕大部分,以常綠闊葉樹林所佔面積最廣。已紀錄植物共有2093種,包括單子葉植物355種、雙子葉植物1166種、裸子植物17種、蕨類370種、苔蘚類185種。
人文景觀
當地至今已發現多處石器時代遺址,於立霧溪河口右岸,太魯閣大門牌坊前100餘公尺處上方之河階地為富世遺址所在,屬新石器時代文化,距今已有2000年之久。國家公園區內原為太魯閣族部落分布地,除少數部落外,其餘部落舊址多已無人居住。
清同治13年至光緒2年間,沈葆楨來台時所修築之三條連繫東、西岸交通道路中的「北路」,為當地文獻記載中最早由官府維修之道路,到了日治時期又經改建,是現今蘇花公路前身。日治時期另由官方開闢的合歡越嶺古道,與之後由中華民國政府動員修築的中橫公路,則成為園區內景觀公路及主要聯外要道。