| 線別 | 行經地區 | 營運路線編號 |
| 南線 （經臺9線、花東縱谷） |
經志學、壽豐、鳳林、光復、瑞穗、玉里、富里 | 1121、1122、1137、1142、1138 |
| 北線 （經臺9線、臺8線、中橫公路） |
經北埔、內秀林、新城、太魯閣、崇德、天祥、洛韶、梨山 | 1126、1129、1132、1133、1136、1141 |
| 海線 （經臺11線、東海岸） |
經海洋公園、水璉、豐濱、靜浦、長濱、成功、台東 | 1127、1140、1145 |
| 南支線 （經臺9丙線、鯉魚潭） |
經慶豐、南華、文蘭、銅門、鯉魚潭、壽豐 | 1131、1139 |
| 光豐線 （經臺11甲線、光豐公路） |
經光復、東富村、豐濱 | 1125 |
| 紅葉線 | 經瑞穗、瑞穗國小、紅葉 | 1143 |
| 樂德線 （經花193縣道、樂德公路） |
經瑞穗、春日、松浦、高寮、樂合、玉里 | 1135 |
| 古風線 （經臺30線、卓富公路） |
經玉里、卓麓、古風、崙天、富里 | 1130 |
| 望通嶺線 （經臺23線、東富公路） |
經富里、豐南村、四維、石門、望通嶺 | 1120 |
| 機場線 | 經門諾醫院、花蓮機場 | 1123 |
| 月眉線 （經花193縣道） |
經仁和村、月眉、豐田火車站 | 1128 |
| 七星潭線 | 經門諾醫院、七星潭 | 105 |
| 水源線 | 經慈濟醫院、水源村 | 202 |
