馬祖為台灣外島,旅客可透過空運或海運抵達馬祖。空運部分,目前只有立榮航空所營運的台北-南竿、台中-南竿的航線。由於台灣國內航線主要是從台灣西部聯絡台灣東部和各離島,每逢例假日或春節連假,幾乎班班客滿。因此,搭乘前請務必先向航空公司預訂機位;同時各大旅行社亦受理代訂機位及購票事宜。
旅客抵達機場後,可利用公車及計程車至島內各處。島內各地區計程車都可跳錶,但也可以議價。一般而言,機場、碼頭的排班計程車,收費行情為150元(遠程為200元或議價),但為避免爭議,可請司機按錶收費。
公車每30分鐘至1小時一班車,票價全票15圓,軍警票12圓,民眾可至大廳出口處候車。
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除了利用航空運輸系統外,遊客亦可搭乘渡輪由台灣本島(基隆)前往馬祖,台馬輪是連江縣政府在1997年採購的日本中古渡輪,一直以來擔任往返台灣、馬祖之間的交通重任。台馬輪可搭乘乘客500人,客房總類繁多,按不同的經濟需求分為頭等艙七間、商務艙六間、經濟艙五大間與座位,共提供384張床位、116張座位,除非床位客滿,才會出售座位。票價由600圓至2000圓不等。
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