馬祖為台灣外島，旅客可透過空運或海運抵達馬祖。空運部分，目前只有立榮航空所營運的台北－南竿、台中－南竿的航線。由於台灣國內航線主要是從台灣西部聯絡台灣東部和各離島，每逢例假日或春節連假，幾乎班班客滿。因此，搭乘前請務必先向航空公司預訂機位；同時各大旅行社亦受理代訂機位及購票事宜。
旅客抵達機場後，可利用公車及計程車至島內各處。島內各地區計程車都可跳錶，但也可以議價。一般而言，機場、碼頭的排班計程車，收費行情為150元（遠程為200元或議價），但為避免爭議，可請司機按錶收費。
公車每30分鐘至1小時一班車，票價全票15圓，軍警票12圓，民眾可至大廳出口處候車。
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南竿鄉公所網站 北竿鄉公所網站 除了利用航空運輸系統外，遊客亦可搭乘渡輪由台灣本島（基隆）前往馬祖，台馬輪是連江縣政府在1997年採購的日本中古渡輪，一直以來擔任往返台灣、馬祖之間的交通重任。台馬輪可搭乘乘客500人，客房總類繁多，按不同的經濟需求分為頭等艙七間、商務艙六間、經濟艙五大間與座位，共提供384張床位、116張座位，除非床位客滿，才會出售座位。票價由600圓至2000圓不等。
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